HAD je organizacijski strukturiran kroz sljedeće sekcije: sekcija za filozofiju, sekcija za sociologiju, psihologiju i političke znanosti, sekcija za ljudska i manjinska prava, sekcija za studije religioznosti, sekcija za leksikografiju, sekcija za odgoj, obrazovanje i prosvjetnu politiku, sekcija za jezikoslovlje i književnost, sekcija za vizualne medije te sekcija za povijesna istraživanja. U ranijim godinama djelovale su i druge sekcije (npr. sekcija za gospodarstvo s podsekcijama) ili su postojeće sekcije bile drugačije organizirane, odnosno, imale su druge nazive (sekcija za filozofiju i leksikografiju, sekcija za obrazovanje i prosvjetu, sekcija za sociologiju i psihologiju).